Pieniężno to jedno z najstarszych miast na Warmii. Kościół w obecnym kształcie pochodzi z XIX wieku, ale jego początki należy datować w wieku XIII, albo i wcześniej.
Wewnątrz zachowały się m.in. kielich z XVII wieku, srebrna ponadmetrowa monstrancja z 1643 roku oraz figury patronów – apostołów Piotra i Pawła, także z XVII wieku.
Parafia została utworzona w 1288 roku. Mieści się przy Rynku. Prowadzą ją księża Werbiści. Od samego początku patronami kościoła są św.św. Apostołowie Piotr i Paweł. Parafia należy do dekanatu Pieniężno.
Parafia w Pieniężnie odgrywała zawsze bardzo istotną rolę, będąc stolicą jednego z trzech komornictw będących pod zarządem Kapituły Warmińskiej. Parafia pw. św. Apostołów Piotra i Pawła powstała na przełomie XIII i XIV wieku. Pierwsza wzmianka o proboszczu pochodzi z 1304 roku. Pierwszy kościół był drewniany. Drugi kościół pochodzi z XIV wieku, był to kościół gotycki, trzynawowy o długości 35 metrów, orientowany. Do kościoła prowadziło dwoje drzwi, jedne znajdowały się w samej wieży, drugie od strony zachodniej. Ewenementem jest usytuowanie wieży, nie była po stronie zachodniej lecz na ścianie południowo-zachodniej, co rzadko było spotykanie i występowało tylko na Warmii. Posiadała 47 metrów wysokości, zbudowana na planie kwadratu. Zakończona trójkątna piramidą, nad która wznosiła się latarnia. W 1724 umieszczono na niej 4 herby: papieski, kapituły katedralnej, miasta oraz od strony zachodniej pozłacaną gwiazdę. Herby można było jeszcze oglądać w 1886 roku.
W roku 1881 na wieży znajdowały się cztery dzwony z początku XVII wieku, jeden z 1880 roku. Od zawsze patronami kościoła byli św. Piotr i Paweł, w pewnym momencie dodano trzeciego patrona św, Mikołaja z Bari, który miał chronić od pożarów.
Świątynia do 1895 roku z zewnątrz została bez zmian, wewnątrz jednak cały czas ulegała zmianom. Posiadała początkowo sklepienie gwieździste, później drewniany pułap, na którego niebieskim tle przedstawiono sceny z życia św. Piotra i Pawła. W 1833 bogato zdobiony sufit drewniany zastąpiono prostym sufitem gipsowym, co było niepraktyczne, wzniesiono, więc sklepienie gwieździste i wsparto kolumnami. Ołtarze, jakie znajdowały się w kościele były gotyckie.
Niegdyś kościół wyposażony był w liczne obrazy zawieszone w trzech rzędach. W 1886 roku nie było już po nich śladu. Bardzo ważnym obrazem, który nie zachował się, był obraz św. Rozalii, ufundowany w 1710 roku przez burmistrza pieniężeńskiego Anreasa Dromlera. Był on wotum za odwrócenie zarazy która nawiedziła miasto. Na tle góry Palermo, gdzie znajdują się relikwie św. Rozalii przedstawiono procesje pielgrzymów, dalej na tle widniały zarysy Mehlsack/Pieniężno wraz z jego murami i wieżami. Z jednej z bram wychodził kondukt żałobny podążający w stronę cmentarza. Pomiędzy wieloma zwłokami stała śmierć z kosą.
W XIX wieku z powodu niewystarczającej przestrzeni zaczęto myśleć o budowie nowego kościoła. Stary kościół gotycki został rozebrany na początku 1895 roku. Nowy kościół to neogotycki kościół z wieżyczkami i sterczynami w stylu warmińskim. To budowla pięcionawowa o długości 35, 7 metra i szerokości 43,2 metra. Zachowano starą wieżę, stała ona wcześniej pośrodku podłużnej ściany kościoła. Po przebudowie stoi pośrodku nawy poprzecznej. Wieżę podwyższono i zmieniono dach do 60 metrów. Ołtarz zastąpiono neogotyckim ołtarzem z 1898 roku drewnianym poświęconym Najświętszemu Sercu Jezusowemu. Przed wojną w latach 1936-38 podczas remontu kościoła przeniesiono ołtarz do bocznej nawy. W prezbiterium powstał nowy ołtarz, z namalowanym wizerunkiem Chrystusa Króla. Obok niego ustawiono figury patronów kościoła pochodzące z barokowego ołtarza, które wcześnie stały w niszach po obu stronach portalu.
W kościele jest około tysiąca miejsc siedzących, to rzadkość na Warmii. Dzwony, które miały być przetopione podczas ostatniej wojny zostały wywiezione i obecnie znajdują się w kościele St. Heribert w Koln. Nowy dzwon pochodzi z 1954 roku. Drugi mały dzwon pochodzi z kościoła ewangelickiego.
Ciekawostką jest, że kościół od 1925 roku, posiadał centralne ogrzewanie, ogrzewany był ciepłym powietrzem, dopływającym szerokim kanałem od strony ołtarza.
